De la libéralisation en 1991 du secteur de la santé burkinabè à nos jours, le sous secteur sanitaire privé a connu un relatif développement.

En plus des structures publiques, le Burkina Faso compte des structures privées concentrées dans les villes de Ouagadougou et de Bobo-Dioulasso. En 2014, on dénombre 407 structures privées de soins contre 382 en février 2011.

Le poids des formations sanitaires privées reste encore faible dans le système national de santé. En plus de la qualité des prestations assez mitigée, l’offre sanitaire privée ne concerne que quelques centres urbains, notamment Ouagadougou et dans une moindre mesure, Bobo-Dioulasso.

De nombreux problèmes minent le sous secteur sanitaire privé. Le marché illicite du médicament reste important et en l’absence d’une production locale de médicaments, le secteur privé est exclusivement un marché d’importation comprenant un grossiste de statut non lucratif (CAMEG) et plusieurs  grossistes de statut lucratif qui approvisionnent les pharmacies privées.

Au Burkina Faso, l’ouverture des établissements sanitaires privés de soins est soumise à une procédure est réglementé par le Gouvernement suivant l’arrêté N° 2010-358/MS/CAB du 27 octobre 2010 du ministère de la santé. Selon les dispositions de ce texte, seules les personnes détentrices d’une autorisation de création peuvent ouvrir un établissement sanitaire privé de soins. Les établissements sanitaires privés de soins doivent être exclusivement réservé à l’exercice de la profession. Malgré ces dispositions, certains établissements sanitaires privés de soins fonctionnent de façon irrégulière et près de 20% fonctionnent sans autorisation.

Le ministère de la santé avait fixé au 8 juin 2015 dernier, le délai pour les établissements sanitaires privés de se mettre à jour. A ladite date, le ministère de la santé devrait procéder à la fermeture des établissements de soins sans autorisation légale. Pour les établissements sanitaires privés de soins autorisés mais présentant d’autres formes d’insuffisances, un délai de trois (3) mois leur avait été donné pour se mettre aux normes.

Il se pose également les problèmes de concurrence déloyale, de financement et de fiscalité inadaptée pour un secteur à caractère social.